3周日本游可以从标准本州黄金路线延伸至日本更偏远、更有特色的角落。本行程以东京为出发点，沿新干线穿越本州，进入九州，最后以屋久岛的原始森林收尾——这是可以在不感到疲惫奔波的情况下，在三周内合理完成的最充实路线之一。
行程概览（21天）
| 天数 | 住宿地 | 主要内容 |
|---|---|---|
| 第1-2天 | 东京 | 抵达，浅草，涩谷，新宿 |
| 第3天 | 东京 | teamLab，筑地，秋叶原 |
| 第4天 | 东京 | 日光一日游（神社群，¥2620来回） |
| 第5天 | 箱根 | 富士山景，露天博物馆，温泉旅馆 |
| 第6天 | 京都 | 新干线，伏见稻荷，东山傍晚 |
| 第7天 | 京都 | 金阁寺，岚山，锦市场 |
| 第8天 | 大阪 | 大阪城，黑门市场，道顿堀 |
| 第9天 | 大阪 | 奈良一日游或神户一日游 |
| 第10天 | 广岛 | 和平公园，和平纪念馆，原爆圆顶 |
| 第11天 | 广岛 | 宫岛岛（严岛神社，弥山） |
| 第12天 | 高松 | 濑户内海Sunrise Express，栗林公园 |
| 第13天 | 福冈 | 新干线，博多，屋台晚餐 |
| 第14天 | 福冈 | 太宰府，柳川或糸岛 |
| 第15天 | 长崎 | 长崎和平公园，出岛，哥拉巴园 |
| 第16天 | 长崎 | 军舰岛一日游（若可预订） |
| 第17天 | 别府/由布院 | 九州内陆，地狱温泉区（别府，¥450） |
| 第18天 | 鹿儿岛 | 樱岛火山（轮渡¥160来回），仙严园 |
| 第19天 | 屋久岛 | 乘高速船（¥5500）或飞机（约¥12000） |
| 第20天 | 屋久岛 | 缩文杉徒步（全程22公里，约10小时） |
| 第21天 | 鹿儿岛/大阪 | 返回出发，国际机场出发 |
预算参考（2026年数据）
每人每日预算（含住宿、餐食、交通、门票）：
- 经济型：¥8000至¥12000
- 中档：¥20000至¥35000
- 舒适型：¥50000以上
城际交通费用估算（单独购票，不含JR通票）：
- 东京—小田原（箱根）：¥3670
- 箱根—京都（新干线，经小田原）：约¥8000
- 大阪—广岛（新干线光号）：¥9720
- 广岛—高松（新干线+渡轮）：约¥3500
- 高松—博多（Marineliner+新干线）：约¥6000
- 博多—长崎（特急）：¥2960
- 长崎—别府（高速巴士或特急）：约¥4000
- 鹿儿岛—屋久岛（高速船）：约¥5500
3周总交通（城市间）估算：约¥50000至¥70000。 若购买14日JR通票（¥80000），在密集乘车的前两周使用，最后一周单独购票，通常差不多或略省。
第1至4天：东京
住在新宿或涩谷区，靠近山手线。中档推荐新宿格拉斯丽酒店（约¥18000），有歌斯拉主题等创意客房。背包客推荐UNPLAN Kagurazaka（¥4500起）。
第1和2天：浅草、东山、涩谷、明治神宫（详见东京3天行程完整内容）。第3天加入teamLab Planets（¥3800，丰洲）。第4天日光一日游（JR特急约2小时，日光东照宫等神社群，¥1300门票）。
第5天：箱根（1晚）
乘小田急至箱根汤本（从新宿，浪漫特快¥2470）。下午箱根露天博物馆（¥1600）。傍晚入住温泉旅馆（含两餐，每人¥15000至¥25000）。
第6至9天：京都、大阪、奈良
（详见京都3天行程和大阪3天行程完整内容。）京都住3晚，大阪住2晚。奈良可以在第8天从京都顺路游，或第9天从大阪一日往返。
第10至11天：广岛与宫岛
大阪至广岛乘新干线光号1小时30分钟（¥9720，JR通票涵盖）。第10天完整游览和平纪念公园（¥200门票）、原爆圆顶（免费）、广岛城（¥370）和广岛烧御好村（¥800至¥1200）。第11天全天宫岛——JR轮渡10分钟（¥210，JR通票免费）。弥山登山来回约3小时（免费）；严岛神社（¥300）在涨潮时最为壮观。
第12天：高松（四国）
从广岛乘Sunrise Express夜行列车（¥13000左右含卧铺）或新干线至冈山换Marineliner（约¥6000总计）。栗林公园（¥410）是日本最精致的特别名胜庭园之一，但比金泽或京都庭园游客少。下午可乘渡轮前往直岛艺术岛（¥1220来回）——安藤忠雄地中美术馆（¥2100）。
第13至14天：福冈
乘新干线或高速轮渡至博多。太宰府天满宫（免费，梅枝饼¥150）是必访。屋台晚餐——中洲河畔最集中，豚骨拉面¥900至¥1100。第14天可选柳川（水上游船，约¥1500）或糸岛海岸（JR筑肥线，¥560）。
第15至16天：长崎
从博多乘特急约2小时（¥2960）。长崎和平公园（免费）、爆心地公园、出岛（¥510）、哥拉巴园（¥620）。若可预订，第16天军舰岛（Hashima Island）一日游（约¥4500至¥5000，须通过授权运营商预订）。
第17至18天：九州内陆与鹿儿岛
别府地狱温泉区（¥450入场单处，或一日票¥2200），由布院温泉小镇（从别府约1小时）。鹿儿岛仙严园（¥1000）和樱岛活火山（轮渡来回¥160，可近距离徒步火山口）。
第19至20天：屋久岛
鹿儿岛港乘高速船至屋久岛（3小时，约¥5500）或鹿儿岛机场乘飞机（约40分钟，¥12000起）。缩文杉徒步——往返约22公里，需登山杖和防水装备（向导选配，约¥10000），是日本最壮观的原始森林徒步之一。
第21天：返程
从鹿儿岛或屋久岛飞大阪/东京，乘国际航班回国。或从鹿儿岛乘新干线北上（至博多1小时20分，至大阪约4小时，至东京约7小时）。