日本拥有世界上最出色的公共交通网络：准时、覆盖全面、干净整洁，从新干线跨城连接到城市最后一公里均有覆盖。理解JR与私铁的区别、IC卡的用法，以及何时选择其他交通方式，是畅游日本的基础。
新干线网络
新干线以时速240至320公里连接日本各主要城市，主要线路如下：
东海道/山阳新干线（东京—大阪—广岛—博多/福冈）： 全球最繁忙高速铁路线。最快的希望号约2小时25分从东京至大阪（JR Pass不覆盖）；光号约2小时40分（JR Pass可用）。光号东京至广岛约4小时，至博多约5小时。
东北新干线（东京—仙台—盛冈—青森）： 连接东京至东北地区。隼号至仙台约1小时30分，至盛冈约2小时10分。
北陆新干线（东京—长野—金泽—敦贺）： 2024年延伸至敦贺，东京至金泽约2小时30分。
北海道新干线（新青森—函馆）： 经青函隧道连接本州与北海道。东京至函馆约4小时。计划于2030年代延伸至札幌。
九州新干线（博多—熊本—鹿儿岛中央）： 博多至鹿儿岛中央约1小时20分。
列车等级对比（东海道/山阳线）：
- 希望号/瑞穗号： 最快，仅停主要大站，JR Pass不适用
- 光号/樱花号： 次快，停靠主要及部分中间站，JR Pass可用
- 小町号/燕号： 慢车，全站停靠，JR Pass可用
IC卡——最实用的出行工具
IC卡是在日本最实用的单件物品，可代替现金用于乘车、购物、自动贩卖机等场景。
主要IC卡：
- Suica（JR东日本）：全国通用，羽田机场或东京各JR东日本车站均可购买，押金¥500
- Pasmo（东京私铁联合）：全国通用，东京Metro车站购买
- Icoca（JR西日本）：关西地区发行，与Suica等价通用
- Sugoca（JR九州）：福冈及九州地区使用
所有主要IC卡自2013年起实现全国互通，先买到哪张用哪张即可。iPhone的Apple Pay和Android的Google Pay支持数字Suica，无需实体卡和¥500押金。
使用方法： 入闸时将卡轻触IC读卡器，出闸时再次轻触，系统自动计费扣款。在便利店收银台同样可刷IC卡消费。余额不足¥130时将被拦截在出口闸机，须在站内充值机充值后方可出站。
IC卡票价vs纸质票： IC卡票价通常比购买实体票便宜¥5至¥20。
私铁路线
日本大量城市交通由私铁运营，不在JR Pass覆盖范围内：
- 东京： 京王（新宿至多摩地区）、小田急（新宿至箱根）、东武（浅草至日光）、东京Metro（9条线）、都营地铁（4条线）
- 大阪/京都： 阪急（大阪—京都、大阪—神户）、近铁（大阪—奈良、大阪—名古屋）、南海（大阪至关西机场）
- 福冈： 西铁（市内及周边）
持IC卡可在所有私铁线路无缝乘车，无需提前购票。前往箱根（小田急）、日光（东武）等需乘私铁的景点，需单独购票。
长途夜间巴士
日本高速巴士（国道バス）城市间连接价格远低于新干线：
| 路线 | 巴士票价 | 行驶时间 | 新干线票价 |
|---|---|---|---|
| 东京—大阪 | ¥3,000–¥5,500 | 8–9小时（夜行） | ¥14,170 |
| 东京—京都 | ¥3,200–¥5,500 | 7–8小时（夜行） | ¥13,440 |
| 东京—广岛 | ¥5,000–¥8,000 | 11–12小时 | ¥19,440 |
| 大阪—广岛 | ¥3,000–¥4,500 | 3–4小时 | ¥9,950 |
夜行巴士可省去一晚住宿费，综合节省可达¥10,000至¥15,000。主要运营商有Willer Express、JR巴士关东等。
出租车
日本出租车安全、使用计价表，但价格较贵。起步价约¥730（1.2公里），之后每250米约¥100。3公里市区内车程约¥1,000至¥1,500。
实用提示：
- 出租车车门由司机控制，不要自行开关
- 出示手机上的目的地Google Maps即可
- 大多数出租车现已支持IC卡和信用卡支付
- 日本不需要给小费
叫车软件： Go是日本主要的叫车APP，类似于国内滴滴。Uber在部分城市运营，主要为传统出租车调度模式。
租车自驾
以下地区自驾为主要出行方式：
- 冲绳： 那霸以外巴士班次稀少，自驾是游览海滩和景点的必要方式
- 北海道： 城市间距离大，农村地区巴士有限
- 东北及四国山区： 温泉小镇、山村无铁路覆盖
要求： 须持有在中国领区公证的国际驾照（IDP），另需原驾照；日本靠左行驶。
主要租车公司：Toyota Rent A Car、Times Car Rental等，均有机场门店。提前在线预订比现场取车便宜。高速公路通行费较高，东京至大阪约¥7,000至¥8,000（不含油费）。
各主要机场交通
东京成田（NRT）：
- 成田特快（N’EX）：至东京/新宿/横滨，约80至90分钟，¥3,070，JR Pass可用
- 京成Skyliner：至上野/日暮里，约40至50分钟，¥2,570，不适用JR Pass
- 机场豪华巴士：至全市各主要酒店，约80至120分钟，¥1,400至¥3,000
东京羽田（HND）：
- 东京单轨：至浜松町（JR山手线），约20分钟，¥500，JR Pass可用
- 京急机场快线：至品川，约15至25分钟，¥330
- 出租车至市中心：约¥4,000至¥6,000（30至45分钟）
大阪关西国际（KIX）：
- Haruka特急：至新大阪/京都，约50至75分钟，¥1,910至¥3,090，JR Pass可用
- 南海Rapi:t特急：至难波（大阪），约38分钟，¥1,450，不适用JR Pass
- 机场豪华巴士：至大阪市内各酒店，约50至70分钟，¥1,600
主要路线交通方式对比
| 路线 | 最快选择 | 最便宜选择 | JR Pass |
|---|---|---|---|
| 东京→大阪 | 希望号（2h25m，¥15,270） | 夜行巴士（8h，¥3,000） | 光号¥14,170 |
| 东京→京都 | 希望号（2h15m，¥14,440） | 夜行巴士（7h，¥3,200） | 光号¥13,440 |
| 东京→札幌 | ANA/JAL航班（1h45m，¥15,000+） | 夜行巴士（17h，¥6,000–¥9,000） | 新干线+铁路（8h+） |
| 成田→东京市中心 | N’EX（80m，¥3,070） | 京成基本票+普通线（90m，¥1,300） | N’EX可用JR Pass |